1990年、成増厚生病院の初めてのサテライト・クリニックとして新宿区高田馬場に精神科、神経科、心療内科を標榜する高田馬場クリニックを開院しました。アルコール依存症者に対するデイケアなど、アルコール関連の診断・治療には特に力を注いできました。

1992年には人間ドック、健康診断に特化した池袋慈友クリニックを開院。その後、両院を統合し、現在の地に慈友クリニックが誕生しました。

1990年(平成2年)5月	高田馬場クリニック開院(現 精神科) アルコール・デイケア開始
1991年(平成3年)4月	医療法人社団 慈友会 高田馬場クリニックに改名
1992年(平成4年)9月	池袋慈友クリニック開院(現 内科・心療内科)
2000年(平成12年)8月	医療法人社団 慈友会高田馬場クリニック閉院 池袋慈友クリニック閉院
2000年(平成12年)9月	医療法人社団 慈友会 慈友クリニック開院(現 精神科・内科・心療内科)
2009年(平成21年)9月	リワーク(職場復帰支援デイケア)開始
2013年(平成25年)1月	アルコールデイケア拡張(アルコール第1デイケア、第2デイケア)
2013年(平成25年)4月	医療法人社団 翠会 慈友クリニックとなる
2024年(令和6年)3月	内科部門(人間ドック・健診業務)が終了
2026年(令和8年)5月	建物を改修し、外来診療を3階から1階に移動
2026年(令和8年)7月	建物を改修し、2つのデイケアを1つに統合。当院3階・4階で実施している